Sajak awal berdirinya, PKBI aktif melakukan berbagai upaya untuk mendapatkan dukungan politis dan sumber daya dari para pengambil kebijakan, stakeholder, media dan masyarakat terhadap program-program dalam area hak-hak dan kesehatan reproduksi dan seksual.
Area advokasi PKBI khususnya mencakup:
- Akses Informasi dan pelayanan kesehatan reproduksi remaja (KRR), dilaksanakan secara intensif di tingkat pusat dan daerah Kalimantan Tengah, Kalimantan Barat, dan Jogjakarta. Advokasi KRR kepada tokoh agama dilaksanakan di Lampung
- Akses terhadap pelayanan penanganan kehamilan yang tidak diinginkan untuk mengurangi tingginya angka kematian ibu di Indonesia, yang dilaksanakan di tingkat pusat dan hampir seluruh wilayah Indonesia dimana klinik PKBI berada
- Pencegahan dan penanggulangan HIV dan AIDS. Di tingkat propinsi, PKBI Daerah bersama KPAD aktif merumuskan dan mengawal rencana strategis Pencegahan dan penanggulangan HIV dan AIDS
- Pemantauan terhadap amandemen UU Kesehatan yang dilakukan oleh pemerintah, khususnya dalam bidang kesehatan reproduksi
- Akses dalam perolehan alokasi dana daerah (APBD) untuk pelaksanaan program-program kesehatan reproduksi di daerah