Struktur Organisasi berdasarkan SK PHN: SK PN No. 1391/AK1.01/2014

Salah satu kekuatan PKBI adalah bekerja atas dasar kerelawanan (volunteerism) yang pada struktur terwakili melalui relawan pengurus sebagai pengambil kebijakan dan relawan pelaksana program di lapangan. Profesionalisme dari staf dan pelibatan relawan muda di lapangan pada setiap level juga dapat menjamin kelangsungan pelaksanaan nilai dan misi PKBI yang sensitif gender. Secara keseluruhan staf PKBI berjumlah 812 orang yang terdiri dari 109 staf PKBI Pusat dan 703 orang staf PKBI Daerah dan Cabang.