Bencana memiliki dampak yang signifikan bagi kondisi kesehatan reproduksi warga yang terdampak; khususnya perempuan, anak, dan remaja. Rusaknya infrastruktur kesehatan akan menghambat layanan kesehatan reproduksi yang komprehensif. Keterbatasan akses kontrasepsi dalam situasi bencana dapat meningkatkan angka kehamilan yang tidak diinginkan, serta peningkatan insiden Infeksi Menular Seksual (IMS) dan HIV. Selain itu, kondisi sosial pasca bencana yang tidak stabil dapat meningkatkan risiko kekerasan seksual.
Mempertimbangkan hal tersebut, PKBI melaksanakan Program Kemanusiaan terkait Kesehatan Reproduksi pada situasi bencana mengacu kepada petunjuk pelaksanaan penyediaan Paket Pelayanan Awal Minimum (PPAM) untuk kesehatan reproduksi. PPAM untuk kesehatan reproduksi merupakan seperangkat kegiatan prioritas terkoordinasi yang dirancang untuk memenuhi kebutuhan kesehatan reproduksi penduduk pada permulaan suatu keadaan darurat/bencana.
Melalui Program Kemanusiaan PKBI melakukan berbagai upaya dalam memenuhi kebutuhan dan layanan HKSR (Hak Kesehatan Seksual dan Reproduksi) dan KB (Keluarga Berencana) dalam situasi pra bencana, darurat/bencana dan pasca bencana. Pertama, persiapan (preparedness); berupa kegiatan-kegiatan untuk mengembangkan kapasitas SDM dalam menerapkan PPAM. Kedua, respon pada saat bencana (response); kegiatan mengaktifkan layanan PPAM. Ketiga, pemulihan (recovery); memastikan layanan PPAM secara komprehensif berjalan sesuai dengan prosedur. Keempat, mitigasi (mitigation); melakukan advokasi untuk membangun lingkungan yang kondusif.
Untuk melakukan berbagai hal tersebut, PKBI membentuk Tim Kemanusiaan PKBI (TKP) yang terdiri dari staf dan relawan berdasarkan pemenuhan kriteria. TKP dibentuk di setiap tingkatan kerja PKBI (Pusat, Daerah, dan Cabang).
Dalam menguatkan kerja-kerja penanggulangan bencana, PKBI bergabung dalam Klaster Nasional Penanggulangan Bencana yang dikoordinir oleh Badan Nasional Penanggulangan Bencana (BNPB). PKBI masuk ke dalam Klaster Kesehatan dengan fokus tugas menyiapkan layanan kesehatan reproduksi dalam situasi bencana.
Sepanjang tahun 2013-2017 PKBI telah melakukan berbagai respon bencana dalam bentuk pemberian layanan PPAM dan pendistribusian Kit Kesehatan Reproduksi. Upaya respon bencana tersebut dilakukan di :
- Aceh Tengah dan Bener Meriah, Aceh. Ketika terjadi gempa bumi pada bulan Oktober 2013;
- Banjarnegara, Jawa Tengah. Ketika terjadi tanah longsor pada bulan Desember 2014;
- Jakarta, DKI Jakarta. Ketika terjadi banjir pada bulan Desember 2014;
- Jombang, Jawa Timur. Ketika terjadi banjir pada tahun 2015;
- Pangalengan, Jawa Barat. Ketika terjadi tanah longsor pada bulan Juli 2015;
- Kabupaten Karo, Sumatera Utara. Ketika terjadi erupsi Gunung Sinabung pada bulan Juli 2015;
- Semarang, Jawa Tengah. Ketika terjadi kebakaran pada bulan Juli 2015;
- Pekanbaru, Riau. Ketika terjadi kabut asap pada bulan Oktober 2015;
- Jambi, Jambi. Ketika terjadi kabut asap pada bulan Oktober 2015;
- Solo, Jawa Tengah. Ketika terjadi banjir dari luapan Sungai Bengawan Solo pada tahun 2015;
- Banjar Bangkinang, Kampar, Riau. Ketika terjadi banjir pada bulan Februari 2016;
- Purworejo, Jawa Tengah. Ketika terjadi banjir dan tanah longsor pada bulan Juni 2016;
- Garut, Jawa Barat. Ketika terjadi banjir pada bulan September 2016;
- Solok, Sumatera Barat. Ketika terjadi tanah longsor pada bulan September 2016;
- Pidie Jaya, Aceh. Ketika terjadi gempa bumi pada bulan Desember 2016;
- Bima, Nusa Tenggara Barat. Ketika terjadi banjir pada bulan Januari 2017;
- Kuningan, Jawa Barat. Ketika terjadi banjir pada bulan Februari 2017;
- Kabupaten Limapuluh Kota, Sumatera Barat. Ketika terjadi banjir dan tanah longsor pada bulan Maret 2017;
- Yogyakarta. Ketika terjadi bencana banjir dan longsor, pada bulan November 2017; dan
- Bali, ketika terjadi bencana erupsi Gunung Agung, pada bulan Desember 2017.
Sejak tahun 2013 hingga Saat ini, program kemanusiaan PKBI mendapatkan dukungan dana dari IPPF Humanitarian