Sejak awal berdirinya, PKBI aktif melakukan berbagai upaya advokasi untuk mendapatkan dukungan politis dan sumber daya dari para pengambil kebijakan, stakeholder, media dan masyarakat terhadap program-program dalam upaya pemenuhan hak kesehatan seksual dan reproduksi.
Area advokasi dan komunikasi PKBI khususnya mencakup :
- Mengusulkan draft kebijakan yang terkait dengan hak kesehatan seksual dan reproduksi yang berpihak pada kepentingan mitra strategis Perkumpulan.
- Mengusulkan perubahan dan penghapusan kebijakan yang merugikan kepentingan dan membatasi hak-hak mitra strategis Perkumpulan.
- Memperjuangkan Perkumpulan menjadi provider penanganan Kehamilan yang Tidak Diinginkan (KTD).
- Memperjuangkan tersedianya anggaran spesifik kesehatan seksual dan reproduksidi tingkat DIY dan 5 Kabupaten/Kota.
- Melakukan kontrol terhadap proses dan pelaksanaan berbagai kebijakan publik.
- Memperjuangkan pendidikan kesehatan seksual dan reproduksi bagi remaja masuk dalam kurikulum sekolah (muatan lokal).
Kepeloporan PKBI juga ditunjukkan dalam melakukan advokasi khususnya dalam hal kependudukan dan Keluarga Berencana, penanganan Kehamilan yang Tidak Diinginkan (KTD) dan remaja. PKBI mengadvokasi pentingnya KB dari tahun 1957, kemudian memberikan layanan melalui Balai Keluarga Berencana Indonesia/Balai KIA (Kesehatan Ibu dan Anak) pada tahun 1963. Perjuangan advokasi PKBI membuahkan hasil. Negara menginstitusionalkan program KB dalam bentuk LKBN (Lembaga Keluarga Berencana Nasional) pada tahun 1968. Berdasarkan Keppres No. 8 Tahun 1970 terbentuklah Badan Koordinasi Keluarga Berencana Nasional (BKKBN).
PKBI juga aktif melakukan advokasi terkait penanganan KTD. Pada tahun 1964, Simposium Abortus pertama diselenggarakan di Jakarta tahun 1964, Simposium Kedua di Surabaya tahun 1973. PKBI mulai memberikan pelayanan KTD pada 1980-an.
Selain itu, kepeloporan gagasan PKBI akan kesehatan remaja juga dibuktikan dengan menggagas gerakan Remaja Bertanggung jawab dimulai dari 1980 sebagai cikal bakal program youth center PKBI.
Saat ini dalam melakukan Advokasi, PKBI bergabung dengan berbagai jaringan kerja/aliansi sebagai berikut :
Gerakan Kesehatan Ibu dan Anak (GKIA) (KIA, Kesehatan Remaja, Advokasi Anggaran), CWGI 10 (Penulisan laporan CEDAW), SAVEOURSISTERS #SOS (Kekerasan Seksual), Right Here Right Now (RHRN) (Hak Kesehatan Seksual dan Reproduksi), Koalisi 18+ (Penghapusan Perkawinan Anak), Asean Youth Forum (Remaja), ASEAN People Forum (Koalisi Masyarakat Sipil untuk ASEAN), Aliansi Reformasi KUHP (Konten KUHP Diskriminatif), Proklamasi Anak Indonesia (Hak Anak), AKSI/2015 (Kampanye SDGs), Indonesia Beragam (Hak Keberagaman, Pluralisme), Reformasi KUHP (KUHP dan kebijakan diskriminatif), Tolak Hukuman Mati (Keadilan Hukum, Fair Trial), Jaringan Kerja Prolegnas Pro Perempuan (JKP3) (Mengawal Legislasi Pro Perempuan, RKUHP, RUU Penghapusan Kekerasan Seksual), Komite Aksi Perempuan (Hak perempuan pekerja), SEPERLIMA (Hak kesehatan seksual dan reproduksi bagi Remaja), Relawan Kawanku (Kekerasan Seksual), Bergerak disabilitas (Hak-Hak Difabel), Akhiri Perbudakan PRT (Hak-Hak PRT dan Buruh Migran), HRWG groups (UPR, ICESCR, dll), Kami Tidak Takut, Bhinneka Nusantara (Hak keberagaman keyakinan), Aliansi Penghapusan Kekerasan Terhadap Anak (PKTPA) (Penghapusan Kekerasan terhadap anak).